軌道艙
尺寸：長2.8米，直徑2.2米。
神州飛船的軌道艙的外形為圓柱形的。為了使軌道艙在獨自飛行的階段可以獲得電力，軌道艙的兩側安裝了太陽電池翼，每塊太陽翼除去三角部分面積為2.0×3.4米，軌道艙自由飛行時，可以由它提供0.5千瓦以上的電力。軌道艙尾部有4組小的推進發動機，每組4個，為飛船提供輔助推力和軌道艙分離后繼續保持軌道運動的能力；軌道艙一側靠近返回艙部分有一個圓形的艙門，為航天員進出軌道艙提供了通道，不過，該艙門的更大直徑僅65厘米，只有身體靈巧、受過專門訓練的人才能進出自由。艙門的上面有軌道艙的觀察窗。
返回艙返回后，軌道艙相當于一顆對地觀察衛星或太空實驗室，它將繼續留在軌道上工作半年左右。軌道艙留軌利用是中國飛船的一大特色，俄羅斯和美國飛船的軌道艙和返回艙分離后，一般是廢棄不用的。
返回艙
尺寸：長2.00米，直徑2.40米(不包括防熱層)。
神州飛船的返回艙呈鐘形，有艙門與軌道艙相通。放回艙式飛船的指揮控制中心，內設可供3名航天員斜躺的座椅，共航天員起飛、上升和返回階段乘坐。座椅前下方是儀表板、手控操縱手柄和光學瞄準鏡等，顯示飛船上個系統機器設備的狀況。航天員通過這些儀表進行監視，并在必要時控制飛船上系統機器設備的工作。軌道艙和返回艙均是密閉的艙段，內有環境控制和生命保障系統，確保艙內充滿一個大氣壓力的氧氮混合氣體，并將溫度和濕度調節到人體合適的范圍，確保航天員在整個飛行任務過程中的生命安全。
另外，艙內還安裝了供著陸用的主、備兩具降落傘。神州好飛船的返回艙側壁上開設了兩個圓形窗口，一個用于航天員觀測窗外的情景，另一個共航天員操作光學瞄準鏡觀測地面駕駛飛船。返回艙的底座是金屬架層密封結構，上面安裝了返回艙的儀器設備，該底座重量輕便，且十分堅固，在返回艙返回地面進入大氣層時，保護返回艙不被炙熱的大氣燒毀。
推進艙
尺寸：長3.05米，直徑2.50米底部直徑2.80米
神舟號的推進艙又稱設備艙，它呈圓柱形，內部裝載推進系統的發動機和推進劑，為飛船提供調整姿態和軌道以及制動減速所需要的動力，還有電源、環境控制和通信等系統的部分設備。兩側各有一對太陽翼，除去三角部分，太陽翼的面積為2.0×7.5米。與前面軌道艙的電池翼加起來，產生的電力將三倍于聯盟號，平均1.5千瓦以上，差不多相當于富康AX新浪潮汽車的電源所提供功率。這幾塊電池翼除了所提供的電力較大之外，它還可以繞連接點轉動，這樣不管飛船怎樣運動，它始終可以保持更佳方向獲得更大電力，免去了“翹向太陽”所要進行的大量機動，這樣可以在保證太陽電池陣對日定向的同時進行飛船對地的不間斷觀測。
設備艙的尾部是飛船的推進系統。主推進系統由4個大型主發動機組成，它們在推進艙的底部正中。在推進艙側裙內四周又分別布置了4對糾正姿態用的小推進器，說它們小是和主推進器比，與其他輔助推進器比它們可大很多。另外推進艙側裙外還有輔助用的小型推進器。
